南京是全国四大科研教育中心城市之一，是全国重要的高教、科研基地，拥有一批国内一流的高校和科研机构。2001年，南京地区有普通高校31所（不含部队院校），其中部委属院校8所，省属院校20所，市属院校3所。民办普通高校5所（含2所筹建学校）。有博士、硕士授权一级学科研59个，博士学位授权点73个，硕士学位授权点463个；专任教师6853人，其中具有正高职称2199人，副高职称5232人。南京市有普通中学284所，其中高中85所，初中199所，专任教师18825人，其中高中教师5192人，初中教师13636人。2001年，南京市有小学933所，教职工24347人，其中专任教师21583人，教师学历达标率97%。南京市有独立设置的普通中等专业学校37所（不含中等师范学校），其中部属2所，省属21所，市属14所；另有8所国家级重点中专校，5所部省级重点中专校。南京市独立设置的职业中专、职业高中40所，在普通中学和其他单位附设职业班33个；另有8所国家级重点职业学校，11所省级重点职业学校，14所市级重点职业学校。